Для начала вопрос с визой. Вы хотите открыть чешскую, но при этом влететь в Бельгию? Это, конечно, не критично, но всё же лучше влетать в ту страну, которая открыла визу. В целом, это не страшное нарушение, если докажете, что в Чехии пробудете большее количество дней. Но не проще ли пересмотреть маршрут в обратном порядке и влететь в Прагу, разу уж все равно планируете её посещать. Зачем Вам в дальнейшем вопросы от консульств или на границе, при въезде в Европу? Знаю, что здесь на форуме многие набросятся с критикой - что мол, мы летали и ничего, но, в целом, тут всё таки рулетка. Одним повезло, другим нет и правота в этом случае всегда не на стороне путешественника.
Относительно Брюсселя - мне кажется 4 дня много. Даже с учетом поездки в Брюгге. Лучше лишний день добавить к Праге. Или, например, Кёльн. Там хватит одного дня. Главное кёльнский собор. Но он действительно стоит того, что бы заехать в этот город. Пока в рейтинге мировых достопримечательностей у меня только две, красоту и силу которых не передает ни одна фотография - это Эйфелева башня и Кёльнский собор. Это must see, их надо смотреть своими глазами.
Что касается Амстердама, то попробуйте спланировать так, что бы быть там в пятницу. По пятницам с марта по октябрь в городке Алкмаар проходит сырная ярмарка. Езды от Амстера 35 минут на поезде, в целом - на полдня, но зрелище интересное. Даже не знаю с чем сравнить. На форуме есть хороший отчет на эту тему:
Alkmaаr - сырная ярмаркаНа обратном пути выходили в г. Заандаме, что бы посмотреть дом, в котором останавливался Пётр I. Тоже рекомендую, удивительно, как голландцы гордятся тем, что у них был русский царь.
В целом, это на полдня. В остальном как напланируете. Мы были в Амстердаме 3 дня в апреле 2013 г. Из них чуть больше половины дня ушло на Алкмаар и Заандам, еще полдня ушло на посещение Кёкенхофа, остальное время провели в городе. Скучать не пришлось.
В Чехии на Чешский Крумлов планируйте целый день. Он довольно далеко, пока доедете туда, пока там - день прошёл. По дороге в Чешский Крумлов, недалеко от Будеевице, есть интересный замок Глубока-над-Влтавой. Он у меня на верхних строчках хит-парада среди чешских замков. Очень рекомендую посетить. Но, к сожалению, не подскажу, как в него общественным транспортом попасть, т.к. мы были на машине.
К Карлштейну можно добавить замок Конопиште или замок Крживоклат. От Карлштейна они приблизительно на одинаковом удалении, но в разные стороны. Поэтому либо один, либо другой и можно одним днем. Конопиште понравился, интересен прежде всего тем, что внутри интерьеры сохранены как при последнем хозяине -Франце Фердинанде. Крживоклат пока не видели, всё доехать никак туда не можем, но очень нам его все нахваливают.
Что касается отелей, то тут особо дешевых вариантов не посоветую. Обычно берем на букинге. Максимум на что меня хватает - поймать какие-нибудь акции там. В Амстердаме жили рядом с жд вокзалом, отель на 3 дня терпимый, расположен удобно, но дешевым его не назову. Назывался Hotel Prins Hendrik 3*.
Что касается Праги, то можно попробовать снять квартиру. Мы в прошлый раз делали так. Получилось дешевле отеля и в центре (Прага-3), от Вацлавской площади 15 минут пешком не спеша или 5 минут на трамвае. Если интересно, могу скинуть в личку контакты, где брали.