1. Может сразу в Марсель или Ниццу, или сколько вы дней планируете пробыть в Париже?
2.3. ИМХО Ницца как место дислокации удобнее и интереснее Марселя по всем параметрам.
3.4.5. Имеет смысл на поезде в Геную, оттуда в Пизу, оттуда во Флоренцию, и оттуда в Венецию. И так галопом по Европам, оставьте чудесный Рим для отдельной поездки
6. Из аэропорта Венеция-Тревизо, я полагаю? Вроде Wizz Air летал.
7. Забудьте про агентства, bahn.de - купите билеты сами, это не страшно.
9. Можно сразу в Амстердам.
10. 2 дня на Брюссель много, лучше их провести в Брюгге и Генте.
В целом, маршрут в стиле "галопом по Европам", устанете и толком ничего не запомните. Но для ознакомительной поездки вполне)
для поиска перелетов используйте
skyscanner.ru, для отелей также
http://www.travelrepublic.co.uk/ но booking.com вполне себе ресурс
для поездов bahn.de для маршрутов и билетов по Германии,
http://www.trenitalia.com/ - по Италии