Во-первых, не таможенный, а пограничный контроль (две большие разницы).
Во-вторых, в каждой стране свои правила. В Австралии такие правила, что виза нужна в любом случае, даже если пассажир не покидает контролируемую зону аэропорта. Если авиакомпания допустит на борт пассажира без визы, то её крупно оштрафуют, а пассажира могут не пустить дальше лететь, а депортируют туда, откуда прилетел (в лучшем случае), да ещё и накажут за нарушение границы (в худшем).
Более развёрнутый ответ лучше почитать на
сайте посольства Австралии в Москве.
Почему так - остаётся только гадать. Лично я своими досужими домыслами догадываюсь, что это связано с беженцами, кои валом валят в Астралию. Там дотаточно в транзитной зоне сказать "убежище" любому охраннику или полицейскому - и государство обязано тебя поселить и кормить недели, а-то и месяца "до выяснения обстоятельств".