Если вы прокрутите страницу МИДа Эстонии чуть ниже, то там есть конкретный ответ на ваш вопрос:
Могу ли я въехать в Эстонию в санкционных целях из другого государства-члена Шенгенской зоны?
Вы можете въехать в Эстонию независимо от цели въезда из другой страны Шенгенского соглашения, например, из Финляндии.
Никаких ограничений на въезд из Шенгена в Эстонию не накладывается на граждан РФ. Можете хоть на 6 ночей остаться.
Собственно сейчас так и ездят, у кого есть интересы в Эстонии. Получают визу Италии, едут в Италию, там 7 ночей проводят, потом 6 ночей в Эстонии решают свои дела и прямиком домой в Санкт-Петербург.
Если бы вы ехали из РФ - то да, только с ВНЖ/Визой Д стран Шенгена и незамедлительно проследовать в страну, где у вас ВНЖ.
Суть "санкций" по замыслу законтворцев - ограничить поток из РФ (в тч и тех, кто будет подаваться на политическое беженство), а не в РФ.