Как просить разрешение на возврат - посылаете в авиакомпанию факс или e-mail примерно такого содержания: "Уважаемые господа, мы не смогли воспользоваться авиабилетом №1234567890 поскольку консульство отказало в выдаче визы. Т.к. вынужденный отказ от полёта произошёл по независящей от нас причине просим дать waiver на возврат авиабилета." Обычно присылают разрешение. Но могут и отказать.
Честное слово не знаю как лучше перевести waiver на русский.