по-моему, все просто к этому привыкли, и только в этом ответ!
аргументация не выдерживает критики:
приводят в пример "Рим - Roma", но приводящий пример совсем забыл, что в Риме есть известная команда, которую на русском языке называют Рома. ФК Рома из Рима))
и таких примеров много.
переводить географическое название -- это норма, а переводить название ФК, как и любого другого бренда -- это ошибка. скорее всего, пошло от какого-то шибко умного комментатора очень-очень давно.
так что правильно будет футбольный клуб Байен из города Мюнхена, с земли Баварии, из страны Германии )))